Межведомственная комиссия по защите государственной тайны: 1) на базе предложений министерств и ведомств, руководители которых наделены полномочиями по отнесению сведений к государственной тайне, формирует Перечень сведений, отнесенных к государственной тайне. При необходимости проводит межведомственную экспертизу правомерности отнесения сведений к государственной тайне;
2) согласовывает распределение между министерствами, ведомствами и другими органами государственной власти полномочий по распоряжению от лица государства сведениями, отнесенными к государственной тайне;
3) готовит Перечень для утверждения Президентом Российской Федерации и к опубликованию.
Статья 9 сохранила существовавший и до принятия Закона перечневый метод отнесения сведений к государственной тайне. Устанавливая персональную ответственность конкретных должностных лиц за принятие решения по отнесению сведений к государственной тайне, в общегосударственный перечень теперь включаются сведения, уже отнесенные в установленном настоящим Законом порядке к государственной тайне полномочными должностными лицами. Именно за ними сохраняется ответственность за обоснованность, в том числе экономическую, установленной степени секретности конкретных сведений. Именно на них возложена функция гибкого и своевременного реагирования на внешние условия изменения режима секретности, чтобы последний не превращался в фактор, тормозящий развитие экономики, науки и межгосударственных отношений.
Общегосударственный перечень сведений, отнесенных к государственной тайне, в этих условиях трансформировался в документ, устанавливающий и разграничивающий сферы распоряжения сведениями между различными органами государственной власти. Такой перечень, утверждается Указом Президента РФ и открыто публикуется для того, чтобы, с одной стороны, более детально, чем в статье 5 Закона, показать области государственных интересов в сфере засекречивания государственной тайны, а, с другой стороны, чтобы любой гражданин, располагающий сведениями, которые, по его мнению, могут составлять государственную тайну, мог бы обратиться в соответствующий орган государственной власти для решения вопроса об их засекречивании. Публикация перечня создала возможности для практической реализации права граждан, предприятий, организаций и органов государственной власти на исполнение запросов о рассекречивании сведений (статья 15 Закона). Достаточно актуальной практическая реализация такого права может оказаться, например, для граждан, которым отказано в праве выезда из Российской Федерации из-за их осведомленности в государственной тайне.